Windows側のクライアントをcvs同様ssh経由で接続するように設定。
TortoiseSVNの[設定]-[ネットワーク]-[SSHクライアント]に
TortoisePlink -C -l <username> -i <ppk-path>
のように設定、puttyで使っている秘密鍵がそのまま使える。リポジトリへのurlは下記のように指定：
svn+ssh://<host-name>/<repository-path>
WinCVSでもTortoiseSVNでもそうなのだが、何かアクションを起こす度にパスフレーズを打ち込むのが面倒なので、puttyに付属のpagentを立ち上げるとセッションを保持してくれるので、一度パスフレーズを入れれば後は不要となる。